Bien qu'il s'agisse du signe le plus évident de sa différenciation avec la Z900RS, les changements ne s'arrêtent pas qu'à la peinture. Encore une fois, rappelant les modifications effectuées par les motards de l'époque, la Z900RS SE est équipée de série de suspension et d'un freinage améliorés.

Facile à repérer à l'arrière de la machine, le modèle SE est équipé d'un amortisseur arrière Öhlins S46 avec réglage de la précharge. Doté d'un corps en aluminium et d'une construction monotube, le grand piston de 46 mm de diamètre et les chambres à huile et à gaz internes séparées par un piston flottant procurent une sensation d'adhérence et de maniabilité supérieure.

Des changements ont également été apportés à l'avant, avec la fourche inversée de 41 mm, non seulement resplendissante avec ses tubes extérieurs dorés, mais aussi avec des réglages standard affinés pour créer un équilibre idéal entre l'avant et l'arrière de la moto.

Le freinage a également connu un changement avec l'adoption d'un ensemble étrier et rotor Brembo pour l'avant. Les deux disques avant Brembo de 300 mm de diamètre sont saisis par des étriers monoblocs Brembo M4.32 à montage radial, assistés par un maître-cylindre Nissin à pompe radiale de plus petit diamètre (17,5 mm de diamètre au lieu de 19,1 mm sur le modèle standard) qui active l'action de freinage par le biais de durites tressées en acier inoxydable offrant une plus grande puissance de freinage et une progression linéaire lors du freinage.

Sur le plan esthétique, la Z900RS SE, qui arbore les lettres "RS" du logo du modèle sur les caches latéraux de couleur rouge, se différencie encore davantage grâce à des caches latéraux de radiateur peints en noir, ainsi que des jantes à bâtons plats pour ressembler aux jantes à rayons classiques de couleur or. La "cerise sur le gâteau" est bien sûr la peinture "Yellow Ball" qui fait vibrer les cordes sensibles des fans de la Z1 et des légions de nouveaux pilotes attirés par la scène Vintage en plein essor et désireux de s'immerger dans l'héritage unique de la famille Z de Kawasaki.