Le Ninja e-1 et le Z e-1 sont dotés de deux batteries lithium-ion amovibles. Les multiples options de chargement ajoutent de la flexibilité pour un minimum d'inconvénients dans votre routine quotidienne. Les deux batteries lithium-ion pèsent chacune 11,5 kg. Il est possible de recharger la moto en la connectant à un chargeur dédié alimenté par une prise de courant domestique. Il est également possible de retirer les batteries et de les charger. Le temps de charge par batterie est d'environ 3,7 heures pour une charge complète, 1,6 heure pour une charge partielle (20 % >> 85 %).
*Le chargement hors-bord fait référence aux systèmes de chargement qui ne sont pas intégrés au véhicule lui-même. Le chargeur de batterie (qui prend le courant alternatif et le convertit en courant continu nécessaire pour charger les batteries) étant situé à l'extérieur de la moto, il s'agit d'un exemple de chargement hors bord.